Činnosť vstrekovača Common Rail možno rozdeliť do nasledujúcich etáp:
Plniaci stupeň: Vysokotlakové-palivo prúdi zo spoločnej koľajnice do riadiacej komory vstrekovača, pričom tlačí ihlový ventil nahor a stláča vratnú pružinu; v tomto bode zostanú otvory dýzy zatvorené.
Predvstrekovacia fáza: ECU vyšle krátky impulzný signál, ktorý nabije elektromagnetický ventil. Palivo v riadiacej komore sa odtlakuje prúdením cez spätný kanál, čo spôsobí, že ihlový ventil rýchlo klesá pod silou vratnej pružiny. Malé množstvo paliva (približne 1–3 mm³) sa vstrekuje do valca počas veľmi krátkej doby (0,1–0,3 ms), čím sa vytvorí „pilotné zapaľovanie“, ktoré predhreje valec- a vytvorí priaznivé podmienky pre hlavné vstrekovanie.
Hlavná fáza vstrekovania: ECU predlžuje trvanie aktivácie solenoidového ventilu, čo spôsobuje, že tlak v riadiacej komore naďalej klesá. Ihlový ventil sa úplne otvorí a do valca sa pod vysokým tlakom (nad 200 MPa) vstrekne veľké množstvo paliva (v rozmedzí desiatok až stoviek mm³, v závislosti od prevádzkových podmienok), čím sa vytvorí rovnomerne rozprášený sprej paliva, ktorý sa dôkladne zmieša so vzduchom určeným na spaľovanie.
Fáza po{0}}vstreku: Po ukončení hlavného vstreku ECU vyšle ďalší krátky impulzný signál na vykonanie oneskoreného vstreku malého množstva paliva. To slúži na zníženie teploty výfukových plynov (napr. pri systémoch EGR) alebo na uľahčenie oxidácie pevných častíc (napr. pri regenerácii DPF).
